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[Consuelo]

L'inizio del film è ambientato nel laboratorio in cui è stato creato, a partire dal DNA di Mew, il primo Pokémon geneticamente modificato, Mewtwo. Il Pokémon tuttavia è restio e non vuole diventare una cavia da laboratorio. Per questo motivo decide di distruggere il laboratorio usando i suoi poteri psichici. Successivamente Mewtwo stringe una alleanza con Giovanni, il capo del Team Rocket, che lo aiuta a sfruttare al massimo le sue capacità. Tuttavia tenta di ingannarlo, usandolo per i suoi scopi. Per questo motivo il Pokémon decide di ribellarsi, una volta giunto alla conclusione che gli esseri umani sono malvagi e sfruttano i Pokémon come loro schiavi.
Nel frattempo Ash, Brock e Misty (e i relativi Pokémon) si recano in una città non lontana dall'isola in cui ha deciso di stabilirsi Mewtwo, che ha rapito un'infermiera del Pokémon Center e l'ha trasformata in sua schiava. Il Pokémon decide di invitare alcuni tra i più forti allenatori, tra cui figura Ash, e scatena una tempesta per mettere alla prova i suoi ospiti e i loro Pokémon.
Ash e i suoi amici riescono a raggiungere l'isola insieme ad altri allenatori. A quel punto Mewtwo inizia a rubare tutti i Pokémon che hanno raggiunto il rifugio con lo scopo di clonarli e creare un esercito tutto suo. Terminata la clonazione decide di far sfidare i cloni con i Pokémon originali per dimostrare la superiorità dei primi sui secondi.
Durante gli scontri giunge il Pokémon leggendario Mew che ingaggia una battaglia con il suo clone. Ash, cercando di fermare la guerra tra Pokémon, viene colpito a morte da un attacco. In quel momento tutti i Pokémon cominciano a piangere e le loro lacrime riportano in vita il ragazzo.
Vedendo tutto ciò Mewtwo comprende che non esistono solamente uomini malvagi nel mondo e decide di allontanarsi, in compagnia di Mew e dei suoi Pokémon.
Il Pokémon leggendario cancellerà una parte della memoria agli allenatori presenti. Ash, dopo aver dimenticato la sua avventura, intravede Mew e lo scambia per Ho-Oh, il Pokémon che ha avvistato al termine del primo episodio dell'anime.

Bellissimo!