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Il mais è un combustibile molto apprezzato con un potere calorifero inferiore molto elevato, pari a 15,88 MJ/kg (con umidità del macinato all'11%). Può, inoltre, (ed è questo l'utilizzo maggiore a fini energetici) essere utilizzato per la produzione di biodiesel. Inoltre l'amido di mais viene usato per produrre materie plastiche biodegradabili come il Mater-Bi, della Novamont, per confezionare ad esempio i sacchetti per la raccolta dei rifiuti urbani biodegradabili (umido). Questi sacchetti si decompongono e ritornano alla natura attraverso il pro-cesso di compostaggio.

La produzione di Biodiesel parte dall'estrazione dell'olio dai semi raccolti. Questa può essere realizzata attraverso un'estrazione meccanica, chimica o, più spesso, da una combinazione di entrambe.
Dopo aver estratto l'olio, questo deve essere sottoposto ad un pretrattamento, prima di poter procedere alla transesterificazione. Il pretrattamento degli olii si divide in due fasi:
-   Disidratazione: La presenza di acqua nell'olio influenza negativamente la transesterifica-zione sia basica che acida. Vengono di regola applicati processi di evaporazione sottovuoto;(in alternativa sono praticabili sufflaggi di azoto attraverso l'olio).
-   De-acidificazione: La rimozione degli acidi grassi liberi è essenziale, specialmente quando si utilizzano catalizzatori alcalini, poiché gli acidi grassi liberi formano saponi. La conseguenza è la perdita di capacità catalitica e la difficoltà di separare il glicerolo dal metilestere per effetto dell'emulsione indotta dal sapone. Il numero di acidità deve essere portato sotto 1-3 mg KOH / g olio prima di attuare la transesterificazione con catalizzatori basici, la deacidificazione può essere attuata mediante semplice neutralizzazione con alcali.

Il processo di pretrattamento dell'olio è seguito dalla transesterificazione vera e propria, che può essere condotta in diversi modi, che a loro volta danno origine ad altrettanti impianti di produzione. In generale, la reazione di transesterificazione nella produzione industriale viene condotta in reattori agitati, generalmente batch, miscelando l'olio con una miscela alcol-catalizzatore portandola alla temperatura prefissata.

Il bilancio di materia, sommariamente, può essere scritto come:

1000 Kg di olio raffinato + 100 Kg metanolo ==> 1000   Biodiesel + 100 Kg glicerolo

In teoria il biodiesel sarebbe ecocompatibile perché il suo utilizzo non altera l'equilibrio di CO2 nell'atmosfera (il carbonio emesso viene successivamente sequestrato dalle coltivazioni per produrre nuovo olio). Tuttavia, la metodologia attuale di produzione dell'olio è tutt'altro che ecologica.
Gli aumenti diffusi dei prezzi dei cereali e dei semi oleosi in questi ultimi anni sicuramente hanno risentito dell'aumento della domanda causato dall'industria dei biocarburanti e nel con-tempo della scarsità dei raccolti in Australia, Cina e Stati Uniti, dovuta ad eventi climatici sfavorevoli.
Uno dei principali vantaggi del biodiesel è il fatto che può essere utilizzato in motori esistenti con apparecchiature ad iniezione standard, senza impatto significativo sulle prestazioni del motore. Inoltre, il biodiesel presenta un numero di cetano più alto del gasolio tale da renderlo ideale per i motori ad alta compressione.  Anche se il suo potere calorifico è leggermente inferiore a quello del gasolio, il biodiesel rimane il biocarburante più simile ai derivati del petrolio.

Il Governo del Brasile, uno dei principali produttori di biocarburanti al mondo, sta disboscando in modo indiscriminato estese aree di foresta amazzonica disattendendo le proprie leggi di tutela ambientale e di salvaguardia della popolazione indigena, che si trova costretta a lasciare i propri territori.
Diversi economisti ritengono inoltre che la produzione di biocarburanti possa influire negativamente sulla fame nel mondo, in quanto sottrae terreni fertili alla coltivazione di cereali, che costituiscono la base del nutrimento delle popolazioni dei paesi poveri, che basano la loro economia sul settore primario.